ZUS prowadzi dwa rodzaje kontroli zwolnień lekarskich. Sprawdza prawidłowość ich wykorzystania i prawidłowość orzekania o czasowej niezdolności do pracy oraz wystawiania zaświadczeń lekarskich. W pierwszym przypadku sprawdza, czy chory wykorzystuje zwolnienie zgodnie z jego przeznaczeniem i stosuje się do zaleceń lekarza, a nie np. dorabia czy bierze udział w zawodach sportowych. W drugim lekarze orzecznicy weryfikują, czy osoba na zwolnieniu lekarskim nadal jest chora, a tym samym niezdolna do pracy. Kontrole to ustawowe zdanie ZUS. Środki, z których Zakład wypłaca zasiłki pochodzą ze składek na ubezpieczenie chorobowe wszystkich ubezpieczonych.
W minionym roku pomorskie oddziały ZUS skontrolowały wykorzystywanie zwolnień lekarskich przez ponad 4,8 tys. osób. W wyniku kontroli prawo do zasiłku cofnięto w 406 przypadkach. Kwota cofniętych zasiłków to ponad 733 tys. zł. W czasie zwolnienia ubezpieczony powinien postępować tak, by jak najszybciej odzyskać sprawność i wrócić do pracy. Niezależnie od wskazań lekarskich, może wtedy wykonywać tylko czynności codzienne i te, związane z poprawą stanu zdrowia, np. może pójść na wizytę lekarską, do apteki czy po zakupy spożywcze. Postępowanie, które w powszechnym odczuciu jest nieodpowiednie dla chorego i może nasuwać wątpliwości co do rzeczywistego stanu zdrowia jest niezgodne z celem zwolnienia lekarskiego. Czasem zwolnienia lekarskiego nie można swobodnie dysponować tak jak np. urlopem wypoczynkowym. Wykorzystywanie go niezgodnie z przeznaczeniem powoduje utratę prawa do zasiłku chorobowego za cały okres.
W 2023 r. w woj. pomorskim lekarze orzecznicy ZUS wydali 23,6 tys. orzeczeń w sprawie zwolnień lekarskich. Ich efekt to ponad 1,3 tys. przypadków, gdzie kontrolowanych uznano za zdolnych do pracy i zwolnienia, które skrócono łącznie o 10093 dni, czyli ponad 27 lat. W sumie, w wyniku takich kontroli, cofnięto zasiłki chorobowe w łącznej kwocie, która przekroczyła 988 tys. zł. Podczas tego rodzaju kontroli lekarze orzecznicy sprawdzają, czy ubezpieczony, który korzysta ze zwolnienia nadal jest chory i można je kontynuować, czy też powinno zostać skrócone. Lekarz orzecznik może przeprowadzić badanie, ale także wystawić skierowanie na badanie specjalistyczne. Może też poprosić o udostępnienie dokumentacji medycznej czy zlecić wykonanie badań pomocniczych. Jeżeli stwierdzono nieprawidłowości ZUS wydaje decyzję o odmowie prawa do świadczeń lub obowiązku zwrotu nienależnie pobranych zasiłków.
Do obu rodzajów kontroli typuje się zwolnienia, które m.in. budzą wątpliwości z uwagi na okres niezdolności do pracy nieadekwatny do schorzenia, czy przypadki, w których ubezpieczony dostaje kolejne zwolnienia od różnych lekarzy na różne schorzenia. Zawraca się też uwagę na tych, którzy nie stawili się na badanie przez lekarza orzecznika w wyznaczonym terminie lub wcześniej dopuścili się nadużyć.